Forskjell mellom eksome og transcriptome | Exome vs Transcriptome

Nøkkelforskjell - Exome vs Transcriptome

Et gen inneholder kodende og ikke-kodende regioner i den. Kodesekvenser er kjent som exoner, og ikke-kodende sekvenser er kjent som introner. Nukleotidsekvensen av exonsene til et gen representerer genetisk kode for genet for å syntetisere det spesifikke protein. Derfor forblir eksoner i mRNA-molekylet. Den totale exon-regionen av genomet er kjent som exome, og det er en viktig del av genomet. Genens genetiske kode omdannes til den genetiske koden til mRNA-molekylet, som er nødvendig for produksjon av protein. Hele mRNA-molekylene transkribert i en celle eller en cellepopulasjon ad gangen er kjent som et transkriptom. Hovedforskjellen mellom exome og transkriptome er at

exome representerer sekvensene av eksonregionene av genomet mens transkriptomet representerer total mRNA av en celle eller et vev i en gitt tid.

INNHOLD

en. Oversikt og nøkkelforskjell

2. Hva er Exome

3. Hva er Transcriptome

4. Side ved side-sammenligning - Exome vs Transcriptome

5. Sammendrag

Hva er Exome?

Gener er sammensatt av exoner, introner og regulatoriske sekvenser. Eksoner er genregioner som transkriberes til mRNA-sekvensen under transkripsjonen. Introns og andre ikke-kodende regioner fjernes under transkripsjonen. Nukleotidsekvensen av exoner bestemmer genetisk kode for genet som syntetiserer det spesifikke proteinet det koder. Bare exoner forblir innenfor mRNA av et protein. Samlingen av exoner i genomet er kjent som eksome av en organisme. Det representerer en del av genomet som uttrykkes i gener. Hos mennesker utgjør exome 1% fra genomet. Det er den proteinkodende delen av det humane genom.

Figur 01: Exome

Hva er Transcriptome?

Transkriptomet er samlingen av alle proteinkoding og ikke-kodende transkripsjoner (RNA) i et gitt vev. Transkriptom representerer samlingen av totale mRNA molekyler uttrykt av gener i en celle eller et vev. Transkriptomet til en celle kan varieres med transkriptomet av en annen celletype. Transkriptomet er også dynamisk - det endres med tiden som respons på både interne og eksterne stimuli. Selv innenfor det samme vevet eller innenfor samme celletype kan transkriptom endres etter få minutter.

Transkriptomet er forskjellig fra eksome av en organisme. Transcriptome inkluderer bare de uttrykte exome-sekvensene.Selv om exomen til en celle forblir den samme, varierer transkriptomet mellom celler, siden genuttrykk ikke er det samme for alle celler eller vev. Bare viktige gener uttrykkes i forskjellige celler og vev. Genuttrykk er en spesifikk prosess for vev eller celletype. Det er regulert av ulike faktorer, inkludert miljøfaktorer. Derfor kan transkriptom variere med eksterne miljøforhold.

Transkriptom brukes som en forløper for proteomikkstudier. Alle proteiner er avledet fra mRNA-sekvenser. Translasjonsmodifikasjoner kan føre til endringer i proteiner. Transkriptomet gir imidlertid viktig grunnleggende informasjon for de proteomiske undersøkelsene.

Figur 02: Transkriptom av embryonale stamceller

Hva er forskjellen mellom Exome og Transcriptome?

- diff Artikkel Midt før tabell ->

Exome vs Transkriptom

Exome er samlingen av proteinkodingområdene i gener.
Transkriptom er samlingen av alt transkribert RNA inkludert mRNA.	Eksempel
Exome studeres ved hjelp av DNA-prøve.
Transkriptomet studeres ved bruk av en RNA-prøve.	Studiemetode
Hele exome-sekvensering er metoden for å studere exome.
RNA-sekvensering er metoden for å studere transkriptom.	Sammendrag - Exome vs Transcriptome

Exons er de kodende sekvensene til gener og bestemmer proteinens mRNA-sekvenser. Samlingen av disse kodende sekvensene (exoner) er kjent som eksom av en organisme. Gen transkriberes til mRNA-molekyler før fremstilling av proteiner. De totale mRNA-molekylene i en celle eller et vev på et gitt tidspunkt er kjent som transkriptom. Transkriptom representerer de gener som blir aktivt uttrykt i mRNA til enhver tid. Transcriptome er celle og vevsspesifikke og påvirker miljøforholdene. Dette er forskjellen mellom exome og transkriptom.

Referanser:

1. Sarah et al., "Target Capture and Massively Parallel Sequencing of Twelve Human Exomes. " Natur. U. S. National Library of Medicine, 10. september 2009. Web. 01. april 2017

2. Mutz et al. "Transcriptome analyse ved bruk av neste generasjons sekvensering. "Elsevier: Artikkel Locator. N. p., September 2012. Web. 01. april 2017

Image Courtesy:

1. "Transkriptomet av pluripotente celler" Av Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10. oktober 2008), StemBook, red. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, // www. stembook. org. - [1] DirectStemBook Figur 2 Transkriptomet av pluripotente celler. Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., pluripotent transkriptom (10. oktober 2008), StemBook, red. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, (CC BY 3. 0) via Commons Wikimedia