Forskjell mellom siRNA og shRNA | shRNA vs siRNA

shRNA vs siRNA

Under prosessen med RNA interferens (RNAi), blir ekspresjon av et målgen slått ned med høy spesifisitet og selektivitet. RNAi er en naturlig prosess, og det involverer lite interfererende RNA (siRNA) og kort hårnål RNA (shRNA) og bi-funksjonell shRNA. For tiden er RNAi mye brukt som et verktøy for personlig kreftbehandling. Anvendelsene til RNAi er i utgangspunktet gjort med de kjemisk syntetiserte dobbeltstrengede siRNA og vektorbaserte shRNA-molekyler. Selv om disse to molekylene har lignende funksjonelle utfall, varierer de i strukturen; Dermed varierer de molekylære virkningsmekanismene, RNA-banene og off-target-effektene av disse to molekylene også.

shRNA

shRNA er en sekvens av lite RNA-molekyl som gjør en tett hårnålssving som kan brukes til å stille et målgenuttrykk under RNAi. Ekspresjon av shRNA oppnås med en vektor, som kan være enten et virus eller en bakterie eller ved levering av plasmider. De syntetiseres i kjernekjernen og transporteres til cytoplasma for videre prosesser. Disse molekylene har lignende modningsveier av miRNA; Derfor har syntesen av miRNA gitt grunnlaget for forståelse av shRNA-syntese. Enten RNA-polymerase II eller III kan transkribe shRNA gjennom RNA-polymerase II eller III-promotorer. Fordelen ved bruk av shRNA er at de har relativt lav nedbrytning og omsetningsgrad. Ulempen er at den trenger en ekspressionsvektor som kan forårsake noen sikkerhetsproblemer.

siRNA

siRNAs er dobbeltstrengede RNA-molekyler sammensatt av 20-25 basepar i lengde. Disse brukes til genundertrykkelse ved å silke noe gen med komplementær nukleotidsekvens i RNAi-vei. Gene knockdown ved transfeksjon av siRNA er ofte mislykket på grunn av transient effekten; spesielt i raskt delende celler og undertrykkelsen varer ikke lenger. For å overvinne dette problemet, er siRNA endret ved å introdusere en kort hårnålstruktur. Dette modifiserte molekylet så kjent som shRNA. shRNA skal konverteres til siRNA av en dikter for å kunne fortsette sin normale funksjon.

Hva er forskjellen mellom shRNA og siRNA?

• I motsetning til siRNA har shRNA en ekstra hårnålstruktur. shRNA er en modifisert versjon av siRNA.

• shRNA krever en ekspresjonsvektor, mens siRNA ikke gjør det.

• shRNA kan brukes til langsiktig knockdown mens siRNA kun kan brukes til kortvarig knockdown av gener.

• I motsetning til gen-undertrykkelsen av siRNA, er undertrykkelsen av shRNA langvarig, og hvis den settes inn via en passende viral vektor, kan den produsere permanente genavstivningseffekter.

• Dicer kreves for å konvertere shRNA tilbake til siRNA molekylet for å kunne utføre sine normale funksjoner.