Forskjell mellom cDNA og genomisk bibliotek | cDNA vs genomisk DNA-bibliotek
Hovedforskjell - cDNA vs genomisk bibliotek
Det finnes to hovedtyper av DNA-biblioteker konstruert av forskere ved hjelp av gentekniske teknikker. De er cDNA-bibliotek og genomisk bibliotek. nøkkelforskjellen mellom cDNA og genomisk bibliotek er at cDNA-biblioteket inneholder klonet komplementært DNA av totalt mRNA fra en organisme mens det genomiske DNA-biblioteket inneholder de klonede fragmentene av hele genomet av en organisme. Det genomiske DNA-biblioteket er større enn cDNA-biblioteket.
INNHOLD
en. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er cDNA-biblioteket
3. Hva er genomisk bibliotek
4. Side ved side-sammenligning - cDNA vs genomisk bibliotek
5. Sammendrag
Hva er et genomisk bibliotek?
Et genomisk DNA-bibliotek er en samling av kloner som bærer fragmentene av totalt genomisk DNA av en organisme. Den inneholder hele genomisk DNA av den organismen, inkludert kodende og ikke-kodende sekvenser. Konstruksjonen av et genomisk bibliotek utføres ved rekombinant DNA-teknologi etterfulgt av kloning (genteknologi). Det er forskjellige trinn involvert i konstruksjonen som vist i figur 01. Prosessen starter med genomisk DNA-isolasjon. Ved bruk av en egnet DNA-ekstraksjonsprotokoll bør total genomisk DNA av en organisme isoleres. Da bør DNA'et omdannes til håndterbare størrelser eller inn i de spesifikke fragmentene ved hjelp av restriktionsendonukleaser (DNA-skjæreenzymer). Fragmentert DNA bør settes inn i vektorer ved bruk av DNA-ligaser (DNA-tilknyttede enzymer). En vektor er en selvrepliserende organisme. Plasmider og bakteriofager er ofte brukte vektorer i rekombinant DNA-teknologi. Disse ligerte vektorer er kjent som rekombinante DNA-molekyler siden de bærer både egne og innsatte DNA-sekvenser. Rekombinante vektorer blir tilsatt til en vertsbakterie og laget for opptak av rekombinante vektorer inne i bakteriecellen. Bakterier med rekombinante vektorer (plasmider) bør dyrkes i et dyrkningsmedium. Under bakteriell multiplikasjon replikerer bakterielt DNA, sammen med rekombinante plasmider, deres genomene og produserer kloner. Disse klonene inneholder hele genomet av kildeorganismen. Derfor kalles det et genomisk bibliotek. Plasmider kan lett separeres fra det bakterielle kromosomale DNA for å konstruere det genomiske biblioteket av den organismen. Hvis en bestemt organisme inneholder interesserte gener, er det lett å oppdage det i det genomiske bibliotek ved hybridisering ved hjelp av molekylære prober (markører).
Genomiske biblioteker er viktige for å studere genomisk struktur og funksjon, spesifikke gener, genplassering, gen kartlegging, mutasjoner, gensekvensering, identifisering av nye terapeutiske gener etc.
Figur_1: Konstruksjon av en genomisk bibliotek
Hva er et cDNA-bibliotek?
Et cDNA-bibliotek er en samling av komplementære DNA (cDNA) kloner syntetisert fra total mRNA av en organisme. Konstruksjonsprosedyren innebærer forskjellige trinn. Rensing av totalt mRNA fra en organisme er det første trinnet involvert. Isolert mRNA omdannes til cDNA-tråder ved en prosess som kalles revers transkripsjon. Omvendt transkripsjon lages av et enzym som kalles revers transkriptase. Den bruker en liten 3'-primer og initierer syntesen av den første cDNA-strengen som er komplementær til mRNA-strengmalen. Resultatet dobbeltstrenget cDNA omdannes til mindre fragmenter ved anvendelse av restriksjonsendonukleaser og settes inn i egnede vektorer. Disse konstruerte rekombinante molekyler blir så tilsatt til en vertsorganisme og dyrket i et dyrkningsmedium for å produsere kloner. Samlingen av kloner som inneholder cDNA-fragmenter av en organisme er kjent som et cDNA-bibliotek. Fullt skåret, modent mRNA inneholder ikke introner og regulatoriske regioner. Derfor er ikke-kodende fragmenter ikke tilstede i cDNA-biblioteker i motsetning til i et genomisk bibliotek.
cDNA-biblioteker er viktige for analysen av kodende regioner, genfunksjoner, generasjon av gener etc.
Figur_2: Konstruksjon av et cDNA-bibliotek
Hva er forskjellen mellom cDNA og genomisk bibliotek?
cDNA-biblioteket er en samling av klonene som bærer det komplementære DNA til mRNA av en organisme.
Genomisk bibliotek er en samling av klonene som bærer det totale genomiske DNA av en organisme. |
|
| Koding vs ikke-kodende sekvenser | cDNA-bibliotek inneholder bare kodende sekvenser; den inneholder ikke introner. |
| Genomisk bibliotek består av hele genomisk DNA, inkludert ikke-kodende (introner og regulatorisk) DNA. | |
| Størrelse | cDNA-biblioteket er lite. |
| Genomisk bibliotek er stort. | |
| Startmateriale | Utgangsmateriale er mRNA |
| Utgangsmaterialet er DNA. | |
| Engasjement av omvendt transkripsjon. | Omvendt transkripsjon skjer i den første cDNA strengsyntesen. |
| Omvendt transkripsjon skjer ikke. | |
| Sammendrag - cDNA og genomisk bibliotek | Det genomiske biblioteket representerer en populasjon av kloner som bærer det fragmenterte totale genomiske DNA av en organisme. cDNA-bibliotek representerer populasjonen av kloner som bærer komplementært DNA av det totale mRNA av en organisme. En cDNA klon inneholder bare sekvensene funnet i mRNA mens den genomiske klonen inneholder sekvensene av hele genomet. Dette er forskjellen mellom cDNA og genomisk bibliotek. |
Referanse:
1. Haneef, Deena T KochunniJazir. "Forskjellen mellom genomisk og cDNA-bibliotek. "Forskjellen mellom genomisk og cDNA-bibliotek. N. p., n. d. Web. 15. feb.2017
2. Stekel, Dov J., Yoav Git, og Francesco Falciani. "Sammenligningen av genuttrykk fra flere cDNA-biblioteker. "Genomforskning. Cold Spring Harbor Laboratory Press, desember 2000. Web. 16. februar 2017
3. "Genomiske biblioteksskjermer for gener involvert i n-butanoltoleranse i Escherichia coli. "Genomiske biblioteksskjermer for gener involvert i n-butanoltoleranse i Escherichia coli. N. p., n. d. Web. 16. februar 2017
Image Courtesy:
1. "Formasjon av et cDNA-bibliotek" Av PhD Dre på engelskspråk Wikipedia (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia
2. "Genomisk bibliotekskonstruksjon" Av Aluquette - Eget arbeid (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia
