Forskjell mellom Blast og Fasta

Blast vs Fasta

Blast og Fasta er to programvare som brukes til å sammenligne biologiske sekvenser av DNA, amino syrer, proteiner og nukleotider av forskjellige arter og se etter likhetene. Disse algoritmene var skrevet med hensyn til å holde fart i tankene fordi ettersom databanken av sekvensene svulmet når DNA ble isolert i laboratoriet av forskerne i midten av 1980-tallet, reiste det et behov for å sammenligne og finne identiske gener for videre forskning med høy hastighet. Blast er et akronym for Basic Local Alignment Search Tool og bruker lokalisert tilnærming i sammenligning av de to sekvensene. Fasta er en programvare kjent som Fast A hvor A står for Alle fordi den fungerer med alfabetet som Fast A for DNA-sekvensering og Fast P for protein. Både Blast og Fasta er svært raske når man sammenligner noen genom databaser og er derfor svært levedyktige både monetært og sparer tid.

Blast

En av de mest brukte bioinformatikk programvare Blast ble utviklet i 1990 og siden da har vært tilgjengelig for alle på NCBI nettsted. Denne programvaren kan nås av noen og kan endres etter behov. Blast er programvaren der inngangsdata for en sekvens som skal sammenlignes er i Fasta-format, og utdataene kan fås i ren tekst, HTML eller XML. Blast fungerer på prinsippet om å lete etter lokaliserte likheter mellom de to sekvensene og etter kort notering de lignende sekvensene det søker etter nabolag likheter. Programvaren søker etter et stort antall like lokale regioner og gir resultatet etter at en grenseverdi er nådd. Denne prosessen er forskjellig fra tidligere programvare der hele sekvensen ble søkt og sammenlignet, noe som tok mye tid. Blast brukes til mange formål som DNA-kartlegging, sammenligne to identiske gener i forskjellige arter, skape fylogenetisk tre.

Fasta

Fasta programmet ble skrevet i 1985 for bare å sammenligne proteinsekvenser, men ble senere modifisert for å utføre søk på DNA også. Fasta programvare bruker prinsippet om å finne likheten mellom de to sekvensene statistisk. Denne programvaren samsvarer med en sekvens av DNA eller protein med den andre ved lokal sekvensjusteringsmetode. Det søker etter lokal region for likhet og ikke den beste kampen mellom to sekvenser. Siden denne programvaren sammenligner lokaliserte likheter til tider, kan det oppstå en feilmatch. I en rekkefølge tar Fasta en liten del kjent som k-tuples hvor tuple kan være fra 1 til 6 og matcher med k-tuples av andre sekvenser, og når en terskelverdi av samsvar er nådd, kommer det opp med resultatet. Det er et program som brukes til å kortslå prospekter av matchende sekvens fra et stort antall for full sammenligning da det er veldig fort.

Kort sagt: Blast vs Fasta • Blast er mye raskere enn Fasta. • Blast er mye mer nøyaktig enn Fasta. • For tett matchede sekvenser Blast er veldig nøyaktig og for ulik rekkefølge Fasta er bedre programvare. • Blast kan endres etter behov, men Fasta kan ikke endres. • Blast må bruke Fasta-inngangsformat for å få utdataene. • Blast er mye mer allsidig og mye brukt enn Fasta.